Especies y linaje

Qué es una especie para el motor (un nombre que se hereda), qué pasa con ella cuando los bots mutan, cómo se registran el parentesco y la distancia genética, y dónde se ve todo eso en la app.

Para el motor de DarwinBots una especie es, ante todo, un nombre. Todos los bots que sembrás desde un mismo bot de la biblioteca llevan su nombre, y todos sus descendientes lo heredan, muten lo que muten. Sobre esa idea simple la app arma el registro de especies, el árbol de parentesco y las medidas de cuánto cambió el ADN.

Esta página separa tres cosas que es fácil mezclar: la especie (el nombre), el linaje (quién es hijo de quién) y el parecido genético (cuánto se parecen dos ADN).

Qué es una especie

Cuando armás una simulación, cada especie que agregás en «Especies a sembrar» (ver Experimentar) es un bot de la biblioteca con una cantidad, un color y la marca de vegetal o animal. Al sembrarla, el mundo registra la especie con ese nombre, y cada bot sembrado y cada hijo que nazca después lo lleva.

El motor usa ese nombre para decidir quién es «de los suyos»:

• .totalmyspecies cuenta los bots vivos con su mismo nombre.
• El veneno (.strvenom) y la toxina (.strpoison) de un bot de la misma especie no le hacen daño: los absorbe como si fueran propios.
• Los cadáveres se llaman Corpse y dejan de contar para su especie (ver Muerte y cadáveres).

Eso no quiere decir que un bot sepa el nombre de los demás: el ADN no lo puede leer. Para reconocer a un pariente, un bot compara la firma de su ADN con la del que ve (La firma propia (my*) y Lo que se ve (ref*)), que es una aproximación. El tutorial Un bot que reconoce a su especie lo desarrolla.

Cuando los bots mutan

Con las mutaciones encendidas (ver Mutaciones), los hijos no son copias exactas de la madre y, con el tiempo, el ADN de una especie se aleja del original. En esta versión el nombre no cambia: los descendientes siguen siendo de la misma especie aunque su ADN ya no se parezca al del fundador. Siguen contando en .totalmyspecies y siguen siendo inmunes al veneno de sus parientes.

Lo que sí cambia, en cada bot que muta:

• El color. Cada mutación le corre un poco uno de los tres componentes (rojo, verde o azul), así que una especie que evoluciona se va volviendo de varios tonos.
• La firma. Las sysvars my* se recalculan, y lo que los demás ven en ref* cambia con ellas.
• La cuenta de mutaciones, que se va sumando de madre a hija.
• La subespecie. El bot recibe un número de subespecie nuevo dentro de su especie (lo mismo pasa cuando lo infecta un virus, ver Virus), y sus hijos lo heredan. Es una etiqueta interna: el ADN no la ve y no cambia nada de lo de arriba; solo sirve para medir cuántas variantes conviven en una especie.

Especies nuevas por mutación

El motor del DarwinBots original sabe además partir una especie en dos: la autoespeciación. Cuando un bot acumula más mutaciones que cierto porcentaje del largo de su ADN (un ajuste que se guarda con la simulación), se rebautiza y funda una especie nueva. El nombre nuevo es el viejo con un número entre paréntesis adelante: (12)Mi bicho. El número sale de un contador del mundo que sube con cada especie nueva; si el nombre ya tenía un número, se reemplaza, así que nunca se acumulan paréntesis. El bot rebautizado vuelve a contar sus mutaciones desde 0, y sus hijos heredan el nombre nuevo. No se crean especies nuevas si el mundo ya tiene 49 registradas.

Desde ese momento es otra especie para todo lo de arriba: su .totalmyspecies cuenta aparte y el veneno de la especie madre ya no lo respeta.

El linaje

Además de su especie, cada bot tiene un número que no se repite en toda la simulación, y el motor anota de cada uno:

• su madre (los sembrados no tienen; son fundadores);
• su generación: la de la madre más uno, empezando en 0 en los fundadores;
• el ciclo en que nació y cuántas mutaciones acumula.

En la reproducción sexual (ver Reproducción), la «madre» es el bot que tiene el hijo. El otro solo puso el esperma con un disparo, y no queda registrado: el linaje es por línea materna.

La distancia genética

¿Cuánto se parecen dos bots? El motor lo mide alineando los dos ADN palabra por palabra: busca los tramos que tienen en común y cuenta qué fracción de las palabras quedó sin pareja. 0 son dos ADN idénticos; 1, dos que no comparten nada.

Esa medida decide dos cosas del mundo:

Por eso, aunque el nombre de la especie no cambie, dos ramas que se alejaron mucho dejan de poder cruzarse: la especie se parte en la práctica aunque el registro no lo diga.

Dónde se ve en la app

En Observar (ver Observar), el color de los bots puede seguir a la especie (es lo normal) o a otras medidas: generación, mutaciones, largo del ADN y distancia genética, que pinta a cada bot según cuánto se parece al bot seleccionado. Con la vista enriquecida, el inspector (ver El inspector) muestra la especie, la madre y los hijos vivos de un bot y, con «Familia», resalta en el mundo a todos sus descendientes.

En Analizar (ver Analizar) hay cuatro pestañas para esto:

• Especies: una fila por especie, con los bots vivos hoy y su máximo, en qué ciclo apareció y en cuál se extinguió, la generación más alta y los promedios de mutaciones, largo del ADN, energía, edad e hijos por bot.
• Filogenia: el árbol de especies (cada una cuelga de la especie de la madre de su primer bot) y, para una especie, el árbol de sus individuos ordenado por generación. Del árbol de individuos solo se guardan los vivos y sus ancestros; las ramas que se extinguieron sin dejar descendencia se descartan. Sin autoespeciación, el árbol de especies es plano: todas son fundadoras.
• Genética: histogramas de la población (largo del ADN, generación, mutaciones, edad, energía, cuerpo, genes, hijos, presas cazadas) y cómo cambian a lo largo de la corrida. También compara el ADN dominante de una especie (el que más bots llevan, fotografiado cada 1000 ciclos) con el del fundador, gen por gen: qué genes siguen iguales, cuáles cambiaron, cuáles son nuevos y cuáles se perdieron.
• Eventos: las especies nuevas, las extinciones y los récords de población y de generación, marcados en el tiempo.

La pestaña Genética es la manera más directa de ver la evolución en acción: en Tu primer experimento de evolución hay un experimento paso a paso.